提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
织密基层“防护网” 守护老年人健康******
老年人是当前疫情防控的重中之重。兔年春节是我国疫情防控进入新阶段的首个长假。为守护老年人过好健康年,各地统筹城乡医疗资源调度、织密基层“防护网”,广大医护工作者和防疫人员坚守一线。
春节期间,为了方便老年人及时就诊,福州市公布了多个社区家庭医生团队联系方式。有需求的老年人可以及时通过微信、电话等方式,及时联系到家庭医生。这些家庭医生每周会根据签约群众的具体情况,定时走访有基础病的老年人,为他们送去“防疫健康包”,做一些基础检查,遇到紧急情况,为他们做好转诊服务,保障老年人的健康。
据陈铭介绍,目前她们的团队已签约居民近3000人,老年人有700多人,针对重点老年病患,她们团队分类建立档案,按时随访。此外,春节假期,她们都安排了值班医生,随时应对突发情况。
全国有4万多个养老机构,入住老年人220多万人,其中多数高龄、失能、有基础病。为应对春节期间人口流动给老年群体带来的防疫压力,沈阳市民政部门日前发出通知,要求各养老机构夯实防疫措施。
在浙江省嘉兴,所有养老院在春节期间都加强了防疫管理,全力守护在院老人们健康安全。
目前,这家养老院内居住着120多位老人。院内制氧机、氧气瓶、常用药品等医疗资源储备到位,并配备一位医生和两位护士保证院内正常就医。遇到必须外出就医的情况,养老院按照就近原则,确定对口接诊医疗机构,建立会诊转诊运作机制。
此外,为进一步增强养老院防疫力量,嘉兴全市民政系统建立工作专班制,建立“日调度”机制,明确专职联络员做好上传下达,每日调度、统计和上报疫苗接种、人员感染、物资保障和医疗救治等情况。
记者:李昂、郭圻、王怿文、李涛
编辑:吴炜玲、王雅璇、何莉、郝瑞
制作:新华FM工作室
新华社音视频部
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